Zomer 1630. De zeventienjarige Jacob Querido wordt door zijn vader, een Sefardische suikerhandelaar uit Amsterdam, naar de plantage van zijn oom in het noordoosten van Brazilië gestuurd waar de Hollanders de suikerindustrie in hun macht proberen te krijgen. Met gemengde gevoelens verlaat hij zijn familie en zijn liefje en scheept hij in op De Gouden Salamander. Tijdens de bewogen reis met de driemaster van de West-Indische Compagnie begint hij na de zeemansbegrafenis van een oude man met wie hij veel optrok te twijfelen aan wie hij werkelijk is. Als jaren nadat hij zich tot een gerespecteerd en ietwat illuster suikerheer heeft opgewerkt zijn vader hem het portret van een jongen opstuurt, wordt de sluimerende twijfel weer aangewakkerd.
Het leven en de dood van Jacob Querido vertelt het verhaal van een jongeman die de Nieuwe Wereld ontdekt en de Oude Wereld niet kan vergeten.