Rond 2750 voor Christus wordt Mesopotamiƫ getroffen door een overstromingsramp. De scheepsbouwer Noach krijgt van God de opdracht om een ark te bouwen en zo zijn familie en veestapel te redden. Noach brengt hen inderdaad in veiligheid, maar de overlevenden voelen zich ontworteld en ontheemd. Dit bekende gegeven wordt door Marianne Fredriksson op haar geheel eigen wijze uitgewerkt. Ze baseerde zich daarbij niet alleen op de Bijbel, maar ook op het oeroude Soemerische Gilgamesj-epos. Fredriksson maakt van Noach en zijn familie mensen van vlees en bloed en geeft een stem aan de vrouwen en kinderen die in de overleveringen nauwelijks worden genoemd. Vooral Noachs vrouw Naema speelt in deze roman een belangrijke rol.
De zondvloed is niet alleen een roman over een van de grote mythen van de mensheid, maar ook over familiebanden en ontheemdheid, angst en liefde, goed en kwaad en saamhorigheid.