Jan Bloemendal studeerde Klassieke Taal- en Letterkunde en Nederlandse Taal- en Letterkunde aan de Universiteit Utrecht. Hij promoveerde op een geannoteerde editie van Daniel Heinsius’ Auriacus, sive Libertas saucia (Oranje, of de Verwonding van de Vrijheid, 1602). Bij het Huygens Instituut van de KNAW verzorgde hij een uitgave van Vossius’ Poeticae institutiones en vanaf 2004 werkte hij bij de afdeling Griekse en Latijnse Talen en Culturen van de Universiteit van Amsterdam. In 2006 werd hij hoogleraar neolatinistiek aldaar. Hij is uitvoerend secretaris van de uitgave van Erasmus’ Opera Omnia.